Trois formats normalisés sont pris en charge : XML CII (UN/CEFACT Cross Industry Invoice, conforme aux exigences DGFiP), UBL 2.1 et profils dérivés (format natif des échanges PEPPOL) et Factur-X (PDF avec XML embarqué, basé sur la norme EN16931). Clear'Invoice convertit les données vers un modèle interne commun et adapte le format de sortie selon le destinataire ou le canal d'échange.